员工长期不上班，未履行请假流程，也不办理离职手续，并且本人自行退出了钉钉工作群

不能直接认为员工自动离职。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，员工长期不上班且未履行请假、离职手续，若构成严重违反规章制度，单位可解除劳动合同。但需确保程序合规，否则可能面临法律风险。未及时处理可能导致劳动关系不明确，增加纠纷风险。
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常见的处理方式有：与员工沟通，要求其补办手续或返回岗位；依据公司规章制度，经过正当程序后解除劳动合同。选择不同处理方式时，应考虑员工行为性质、公司规章制度及劳动法规定，确保合法合规。
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不可直接解除劳动关系。应先与员工沟通，要求其补办手续或返岗；若员工仍不回应，依据公司规章制度和《劳动合同法》第三十九条，经过正当程序，如通知、听证等，再决定是否解除劳动合同。确保程序合法，降低法律风险。