工厂甲醇超标导致员工疾病是违法的。依据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位应提供安全的劳动条件，若劳动条件恶劣、环境污染严重，给劳动者身心健康造成严重损害，将依法承担责任。如不及时处理，可能面临行政处罚，甚至刑事责任，同时需赔偿员工损失。
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